Los servicios jurídicos del Estado en defensa de Aena se acogen al artículo 1903 del Código Civil que establece que la responsabilidad de una persona o entidad que debe responder de los daños causados cesará cuando prueben que emplearon toda la diligencia para prevenir el daño. Aena rechaza que tenga que responder por los perjuicios que ocasionó el cierre del espacio aéreo porque, a su juicio, los controladores sabían lo que hacían, según las fuentes del sector. Aena responde así a la magistrada titular del Juzgado de Instrucción nº 3 de Madrid que el 22 de septiembre incluyó a la empresa pública entre los posibles responsables subsidiarios, tras la toma de declaración a los controladores imputados.

Además, Aena alega que esa decisión presenta un defecto de forma puesto que la juez debió acordarlo mediante providencia y no a través de un auto. También la Agrupación de Afectados por el Cierre del Espacio Aéreo, que representa a unos diez mil afectados, ha presentado un escrito en el que rebate los argumentos de Aena.